Počítače hledají pravěké geny  
Spočítáme genom tyranosaura?

Diváci filmu Jurský park (popřípadě čtenáři stejnojmenného románu Michaela Crichtona) mohou snadno propadnout mylnému dojmu, že izolace dinosauří DNA a následná rekonstrukce druhohorních plazů nebude v dohledné době nic výjimečného. S výjimkou zapřísáhlých "lovců pravěké DNA", jako je George Poinar, ale většina vědců nepovažuje za reálné, aby se DNA uchovala po dobu delší než nějakých 50 000 roků.

 
Genom tyranosaura není pro vědu blízké budoucnosti nedosažitelnou metou. K oživení ještěra to ale stačit nebude.

Výjimkou jsou například bakterie zamrzlé před 200 000 roky v permafrostu. Ale za obvyklých podmínek se životnost DNA skutečně měří spíše na tisíce než na miliony roků. Přesto bychom se neměli nadějí na "pravěkou DNA" vzdávat. Přečtením genomů řady živočichů získáváme dostatek dat pro počítačovou rekonstrukci pravěké DNA. Ta by se mohla ze stávajících sekvencí DNA "vypočítat".


Jako jeden z prvních vykročil na pole tzv. výpočetní genomiky (computational genomics) David Haussler z University of California v Santa Cruz. Sestrojili algoritmus, který umožňuje modelovat evoluci genomu a z genetických sekvencí současných živočichů generovat odpovídající sekvence jejich dávného předka. Savčí genom se pro tyto účely velmi dobře hodí, protože se během evoluce poměrně rychle mění.


Vědci vzali do výpočtu údaje o úsecích genomu 19 moderních savců (úsek obsahoval deset genů) a pokusili se z nich "vypočítat" odpovídající sekvence jejich předka, který žil zřejmě před 70 miliony roků  a podobal se dnešním rejskům.

Stačí k tomu málo. Prostě zavelíme: Jáchyme…

Když pak zpětně porovnali "vypočítanou" sekvenci DNA dávného savčího předka s odpovídající DNA člověka a myši, zjistili, že člověk pozměnil tuto dědičnou informaci jen z 11 %, zatímco myši a potkani ji změnili bezmála ze 40 %. Zřejmě se na tom podílí kratší generační interval a rychlejší množení myší, které od dob společného předka stihly více generací a měly proto více příležitostí pozměnit svou dědičnou informaci.
"Naším konečným cílem je pochopit historii každého písmene genetického kódu v lidské dědičné informaci," říká Haussler.

 

 

 

Haussier

Pardon. "Davide, hoď ho do stroje!"  (na snímku se na nás culí David Haussier, průkopník výpočetní genomiky)

 

Politováníhodné

Samozřejmě, že případné problémy je třeba ihned konzultovat s odborníky. Politováníhodné omyly se stávají sice jen jednou za deset let, ale vyloučit je nelze.

 

Pramen: Genome Research

Datum: 01.12.2004 12:21
Tisk článku


Diskuze:

Žádný příspěvek nebyl zadán

Diskuze je otevřená pouze 7dní od zvěřejnění příspěvku nebo na povolení redakce








Zásady ochrany osobních údajů webu osel.cz