Červeně linie „brazilské“ varianty P.1, která dobyla Manaus. Kredit: Faria et al. Virological.org 2021.

Jak už bylo mnohokrát řečeno, původce covidu, jako každý správný koronavirus, mutuje na poměry mezi RNA viry pomalu. Mutace, tedy jednotlivé změny v RNA genomu viru, se objevují jen vzácně. Tu se nějaké písmeno změní, tam zase třeba zmizí anebo se objeví nové. Jenomže, nechali jsme si pandemický virus velice rozšířit, infikovaných lidí jsou desítky milionů. Kvůli tomu najednou mutace nejsou až tak vzácné.

Další věc je, že nemáme co do činění s pouhou náhodou. V případě viru čelíme evolučním procesům, v nichž se náhodně vzniklé úspěšné změny kumulují a dostávají stále hrozivější podobu. Když jde o evoluci, tak primárním zájmem viru je se co nejvíc replikovat a šířit. To ale bohužel neznamená, že by se virus automaticky stával méně nebezpečným. Zvláště v případě onemocnění, které se šíří i před propuknutím příznaků a vážné formy choroby, se rozvíjejí až po delší době, nemůžeme spoléhat na to, že se virus vlastní evolucí oslabí. Může, ale také nemusí.

V současné době nám zjevně doběhl čas, kdy jsme se mohli vypořádat s virem v jeho původní podobě. Bažiny covidové nákazy začaly vypouštět nové přízraky. V posledních měsících a týdnech se objevují nové varianty viru, tedy genomy reprezentované soubory většího počtu mutací, které nám tentokrát už opravdu přidělávají vrásky na hlavě. Média mají bohužel sklony občas mluvit o nových mutacích, což zvyšuje zmatek. Ke zmatku i strachu přispívá i nevhodné označování těchto variant podobnými kódy. Mezi virology už rezonují pozoruhodné návrhy, například aby se těmto variantám dávala křestní jména, podobně jako v případě hurikánů. Už teď vědci jedné z obávaných konkrétních mutací N501Y přezdívají „Nelly“. Skvěle se to pamatuje a lépe se to proklíná. Tuto mutaci přitom obsahují všechny z obávaných nových variant.

Rozšíření „britské“ varianty k 18. lednu. Česká republika bohužel nepřekvapí oficiální nulou. Kredit: Cifras Confiables / Wikimedia Commons.

Jako první z těchto nových variant se objevila „britská“ varianta, loni na podzim. Britské Covid-19 Genomics UK Consortium, které ji detekovalo, ji označilo jako B.1.1.7. Významná platforma pro sledování a analýzu genomů virů Nextstrain jí říká 501Y.V1. A podobných jmen existuje vícero. Tato varianta se dramaticky šíří ve Velké Británii, v Irsku, v Dánsku i na dalších místech, kam se dostane. Zatím ale není jasné, v čem spočívá její výhoda. K tomu jsou nutné experimenty a ty nějakou dobu trvají. Zřejmě je více infekční. Ale také třeba jen lépe odolává chladnému klimatu. Prostě nevíme. Jsme pozadu a jen sledujeme vývoj situace. Prozatím se zdá, že tato „britská“ varianta nemění závažnost průběhu nemoci, ani se nedokáže vyhnout protilátkám z předešlé infekce.

To se ale bohužel zřejmě nedá říct o další z trojice nových obávaných variant, „jihoafrické“. Na Nextstrainu ji označují jako 501Y.V2. Ovládla situaci v Jihoafrické republice a šíří se dál do světa. Podle prvních experimentálních výsledků, které jsou staré sotva několik hodin, tato varianta minimálně zčásti proráží dočasnou imunitní ochranu, získanou proděláním covidu.

Podobná je i situace brazilském Manausu, kde byla nedávno detekována další problematická varianta, známá jako „brazilská“, „P.1“ nebo „501Y.V3“. Manaus je jedno z nejvíce zasažených měst covidem na světě. Přesto tam právě teď opět dramaticky narůstá počet nemocných i mrtvých. Zdá se tedy, že přinejmenším „brazilská“ a „jihoafrická“ varianta zvyšují riziko reinfekcí.

Všechny tři tyto varianty mají řadu mutací společných, včetně zmíněné mutace „Nelly“ a další často zmiňované mutace E484K (mohlo by se jí říkat např. Erika), která je podezřelá z úniku před protilátkami imunitní ochrany. Jsme svědky konvergentní evoluce, kdy pod stejným selekčním tlakem vznikají na různých místech nezávisle na sobě stejné mutace. Rozhodně to není konec, spíše konec začátku. Lavinovité šíření lidskými populacemi a teď nástup očkování společně vytvářejí mohutný selekční tlak ve prospěch mutací, které umožní viru vyhnout se imunitní ochraně a lépe se šířit. Úspěšné mutace se budou kumulovat a budou se objevovat nové a nové varianty.

Brazilský Manaus, 16. ledna 2021. Zoufalí lidé se snaží zajistit zásoby kyslíku. „Stádní imunita“ proti covidu nezabrala. Kredit: André L P de Souza / Wikimedia Commons.

Otázkou je, jak vůči novým variantám obstojí současná očkování. Prozatím to zřejmě zvládají. Je ale asi jen otázkou času, než se objeví varianty, které nynějším očkováním projdou. Naší nejlepší strategií teď je co nejvíce snížit počet nemocných a co nejvíce omezit šíření viru. Tedy co nejrychleji naočkovat co nejvíce lidí. A modlit se, aby se opravdu nebezpečné varianty neobjevily příliš brzy.

Česká republika je momentálně ve vleku událostí. Zatím ani nemáme naši potvrzenou sekvenci „britské“ varianty v Nextstrainu, přičemž Slovensko jich tam má už 22. Podle nejnovějších zpráv u nás už samozřejmě je, ale ještě je to nutné potvrdit přečtením sekvencí. To opět není moc lichotivou vizitkou připravenosti České republiky. Navíc, v sousedním Německu již bylo objeveno 5 případů problematické „jihoafrické“ varianty. Musíme vědět, na čem jsme, musíme mnohem více a častěji číst sekvence covidu. Mezi odborníky se mluví o tom, že je nutné číst genomy minimálně cca 1-5 procent ze zachycených případů covidu u nás. Události se valí, pandemie nepočká.

Literatura

Financial Times 15. 1. 2021.

Science, News 15. 1. 2021.

Wikipedia (Variants of SARS-CoV-2)