Apoptóza je naprogramovaná buněčná smrt. Patří mezi krizové biologické procesy, které organismus ochraňují před množením buněk u kterých z nějakého důvodu došlo na jejich genetickém řídícím aparátu (DNA) k takovým poruchám, že  buňka neplní své funkce, nebo když hrozí, že  buňka by se začala nekontrolovaně množit a dala vznik tkáni  zhoubného nádoru. Apoptóza je složitý proces, umožňuje např. ztrátu ocasu u pulců při jejich přeměně v žábu, umožňuje také  formování prstů ruky.  V době embryonálního vývoje je zpočátku naše ruka výrůstekem tvaru palice. Teprve až buňky v meziprstí se přestanou množit a zničí se programovanou smrtí - apoptózou, umožní vznik oddělených, nesrostlých  prstů. Apoptóza především ale zbavuje organismus přestárlých buněk a brání zaplavení organismu buněčných zmetků, neproduktivních neschopných ale také všehoschopných „darmožroutů“. Při apoptóze si buňka nejdříve rozštěpí svoje vlákna  DNA na kratší úseky a ty následně zcela rozloží. Zbaví se tak svého řídícího informačního centra (chromozomální DNA) a hyne.

Apoptóza je evolučně úspěšná konzervovaná funkce, vyskytuje se u hmyzu i u savců. V buňkách organismů je řada enzymů , které umí jadernou DNA rozložit, nazývají se DNázy. Nastane-li proces apoptóza, jedena z těchto DNáz, nazývaná CAD se odpoutá od svého inhibitoru a začne štípat jadernou DNA uvnitř umírající buňky. Následně dojde k uvolnění  enzymu DNáza II, která je za normálního stavu uvnitř lysozómů a tráví pouze DNA z pozřené potravy. Oba enzymy rozloží vlákna DNA na základní stavební části tak dokonale, že imunitní systém organismu nemá důvod zasahovat.

Laboratoř v Cold Spring Harbor zveřejnila výsledky Dr. Nagata z Ósacké univerzity, který sledoval mušky s poruchami apoptózy a kterým se jejich vlastní DNA štěpila nedokonale. Těmto muškám se v těle hromadila částečně fragmentovaná DNA z vlastních uhynulých buněk a tato nadbytečná DNA aktivovala přirozenou imunitní odpověď. Pokud se zjistí, že na „neuklizené“ zbytky DNA reaguje  lidský imunitní systém obdobně jako ten muší, získáme odpověď na příčinu řady zánětlivých a septických procesů vznikajících v důsledku autoimunitních chorob.

Obrázek 1 :  DNA z odumřelých buněk může vyvolat autoimunitní reakci
Obrázek 2 :  Úklid zbytků DNA obstarávají za normálního stavu lysozómy