O (snad) neexistující koronavirové variantě Deltakron  
Médii nedávno proběhla zpráva o "supervariantě" kombinující Deltu a Omikron. Časopis Nature popisuje podrobnosti tohoto příběhu.
Profesor Leondios G. Kostrikis, Ph.D., vedoucí Laboratoře biotechnologie a molekulární virologie na Kyperské univerzitě, proděkan Fakulty teoretických a aplikovaných věd, Kyperská univerzita Kredit: Laboratory of Biotechnology and Molecular Virology, University of Cyprus
Profesor Leondios G. Kostrikis, Ph.D., vedoucí Laboratoře biotechnologie a molekulární virologie na Kyperské univerzitě, proděkan Fakulty teoretických a aplikovaných věd, Kyperská univerzita Kredit: Laboratory of Biotechnology and Molecular Virology, University of Cyprus

7. ledna virolog Leondios Kostrikis, profesor biologických věd, vedoucí Laboratoře biotechnologie a molekulární virologie na Kyperské univerzitě a člen Kyperké akademie věd, v místní televizi Sigma TV oznámil, že jeho výzkumná skupina sekvenovala několik vzorků SARS-CoV-2, v nichž jsou mutace obou aktuálních koronavirových variant – Delty i Omikronu. Kostrikisův tým kovidového „křížence“ nazval Deltakron a obratem nahrál 25 nových sekvencí (výsledků PCR analýz) do populárního veřejného úložiště GISAID, umožňujícího rychlé sdílení údajů o všech variantách chřipkových virů a koronaviru SARS-CoV-2, odpovědného za pandemii covid-19. Později přidal dalších 27 sekvencí. Již 8. ledna zprávu převzala finanční zpravodajská agentura Bloomberg a mediální hrozba Deltakron se rozletěla světem rychlostí světla.

 

Reakce vědecké komunity byla naštěstí rychlá. Mnoho odborníků na sociálních sítích i v tisku prohlásilo, že zveřejněných 52 sekvencí neukazuje na novou variantu a není výsledkem rekombinace genetické informace mezi dvěma virovými variantami, nýbrž s největší pravděpodobností jde o důsledek kontaminace v laboratoři. "Nic takového jako Deltakron neexistuje," napsala již 9. ledna na Twitteru Krutika Kuppalli, členka technického týmu Světové zdravotnické organizace pro covid-19, který působí na Lékařské fakultě University Jižní Karolíny v Charlestonu. „Omikron a Delta nevytvořily supervariantu."

 

Kostrikis se brání a tvrdí, že některé aspekty jeho původní hypotézy byly špatně pochopeny a prý nikdy neřekl, že jde o sekvence rekombinantního viru Delta-Omikron. V e-mailu pro časopis Nature vysvětlil, že jeho původní hypotézou bylo, že u některých částic viru Delta se nezávisle vyvinuly také mutace v genu spike proteinu, které jsou podobné těm u varianty Omikron. Jinými slovy, kyperští virologové na základě výsledků některých PCR testů byli přesvědčeni, že nebezpečnější Delta zmutovala tak, že by mohla být stejně nakažlivá jako mírnější Omikron. Na mediální boom však mnozí vědci pracující na genetickém sekvenování reagovali a poukázali na jinou velmi pravděpodobnou možnost – chybu způsobenou kontaminací vzorků v laboratoři.

 

Delta + Omikron ≠ Deltakron.  Kredit: Creative Commons / Alexey Solodovnikov / CC BY-SA 4.0
Delta + Omikron ≠ Deltakron. Kredit: Creative Commons / Alexey Solodovnikov / CC BY-SA 4.0

Sekvenování metodou PCR závisí na primerech – krátkých úsecích uměle připravené jednořetězcové DNA, které slouží na vyčlenění cílových úseků zkoumaného genomu (viz video pod článkem). Jak upozornil například Jeremy Kamil, virolog z Louisiana State University Health Sciences Center Shreveport, Delta má v genu spike proteinu mutaci, která snižuje schopnost některých těchto primerů se na něj vázat, což ztěžuje sekvenování příslušné oblasti genomu. Omikron takovou mutaci nesdílí, takže pokud by se do vzorku v důsledku kontaminace přimíchaly částice Omikronu, mohlo by se zdát, že výsledná sekvence genu spike proteinu Delty vlastně odpovídá Omikronu.

 

Kostrikis ale oponuje, že pokud by Deltakron byl produktem nečistot ve vzorku, sekvenování by mělo odhalit genetické úseky Omikronu s mutacemi podobnými Deltě, protože Omikron má vlastní mutaci bránící primerům se navázat. Dodává, že argument o kontaminaci laboratoře byl "vyvolán sociálními médii, aniž by byla vzata v úvahu kompletní data, a aniž by byly poskytnuty skutečné pádné důkazy o tom, že to není pravda".

 

Také název Deltakron vyvolal nesouhlas, protože i kdyby sekvence nebyly výsledkem kontaminace, Kostrikisem identifikované mutace nejsou výhradně charakteristické jenom pro Omikron a vyskytují se i v jiných variantách SARS-CoV-2 viru.

Cheryl Bennettová z washingtonské kanceláře nadace GISAID upozorňuje, že od ledna 2020 bylo do databáze nahráno více než 7 milionů genomů SARS-CoV-2 a není překvapující, že se mezi nimi objeví i chybné výsledky. A dodává: "Nicméně spěchat se závěry na základě údajů, které byly právě zpřístupněny laboratořemi, jež se ocitly pod značným časovým tlakem, aby data rychle dodaly, není v žádné epidemii užitečné".

 

Na tento příběh odborná veřejnost hledí z dvou odlišných úhlů pohledu – jedni oceňují systém, který pomohl rychle zachytit chybu, jiní to považují za varovný příklad toho, jak se může v době pandemie začít rychle šířit mylná informace (dezinformace). Zmíněný Jeremy Kamil se také obává, že podobné incidenty by mohly způsobit, že vědci budou váhat se sdílením údajů, u nichž může být důležitý i čas, protože nejen vědecká komunita na některá zjištění musí zareagovat rychle. "Je nutné umožnit vědecké komunitě, aby sama korigovala omyly. V případě pandemie musíte usnadnit rychlé sdílení údajů o virovém genomu, protože právě tak najdeme varianty."

 

Video: PCR - Polymerase Chain Reaction (IQOG-CSIC)

Animace vysvětlující princip polymerázové řetězové reakce známé pod zkratkou PCR (Polymerase Chain Reaction). Animace není komentována mluveným slovem, není nutný zvuk.



Zdroj: Freda Kreier.: Deltacron: the story of the variant that wasn’t. Nature News 21 January 2022. doi.org/10.1038/d41586-022-00149-9

Autor: Redakce
Datum: 22.01.2022
Tisk článku

Související články:

Proč dělat věci jednoduše, když to jde složitě     Autor: Josef Pazdera (05.03.2019)
Pokrivené základy kardiologickej vedy     Autor: Matej Čiernik (28.05.2019)
Víru akademické obce v citovanost, jako kriterium kvality, zpochybnila pomlčka     Autor: Josef Pazdera (01.06.2019)
Od 400 lékařských postupů uplatňovaných v praxi by se mělo upustit, neúčinkují     Autor: Josef Pazdera (13.06.2019)
Nový koronavirus - o odvaze myslet si     Autor: Ivan Hranička (19.10.2020)
Kdo mnoho neví, musí hodně věřit     Autor: Miloslav Pouzar (20.06.2021)



Diskuze:

Žádný příspěvek nebyl zadán

Diskuze je otevřená pouze 7dní od zvěřejnění příspěvku








Tento web používá k poskytování služeb, personalizaci reklam a analýze návštěvnosti soubory cookie. Používáním tohoto webu s tím souhlasíte. Další informace