Název článku jsme si vypůjčili od Roberta Kirkmana, v jehož díle přeživší apokalypsu podrží na živu naděje na přežití. Naše povídání bude o naději bakterií, která je neopouští ani po tisíci letech. Jejich spory se z fyziologicky mrtvolného stavu pro návrat do života rozhodují počítáním.

Studie tvrdí něco těžko uvěřitelného - že i nanostruktury (na nichž se učenci ještě ani neshodli, zda jsou živé, nebo ne) jsou velmi dobře informovány o dění nejen v jejich bezprostřední blízkosti (rozuměj uvnitř napadené buňky), ale i o tom, co se děje vně buňky jejich hostitele. A že tedy dobře ví, kdy na sebe nemají upozorňovat a kdy je naopak pro ně výhodné vycenit zuby a svého dobrodince opustit.

Vědci z Venterova výzkumného ústavu v Kalifornii a Rockville v Marylandu vysvětlují, proč nové varianty koronaviru unikají neutralizačním protilátkám. A proč je jedno, zda protilátky máme po vakcinaci, nebo jako rekonvalescenti COVID-19.

Nesmírně výkonný systém na zpracování sekvencí Serratus v rámci projektu Open Virome prohledal 5,7 milionů přečtených sekvencí získaných na nejrůznějších místech planety. Trvalo mu to 11 dní a za tu dobu objevil téměř desetkrát tolik RNA virů, než jsme doposud znali. Nově objevené RNA viry představují velmi užitečnou zbraň proti virům samotným i proti budoucím pandemiím.

O pokusech, které naznačují, že virus SARS-CoV2, příčina dlouhé pandemie covid-19, pravděpodobně „odhalil“ zajímavou strategii, jak se ukrýt před imunitním systémem.

Standardní měď sice nakonec usmrtí většinu bakterií uvolněnými ionty, ale trvá jí to dlouho. Porézní mikro-nanoměď má úžasně velkou plochu povrchu, z něhož doslova tryská záplava vražedných iontů. Za dvě minuty vymaže prakticky všechny bakterie, kterých se dotkne. Jako by se podívaly do očí Medúze.

Odvážní virologové v náročném terénu jeskyní severního Laosu sesbírali sliny, trus a moč vrápenců. Našli v nich mimo jiné tři nové koronaviry, které jsou zatím nejbližší pandemickému mizerovi. Opakuje se tak situace s neblahým SARS, kdy zjevně přirozený původ viru postupně potvrzujeme nálezy koronaviru u netopýrů zalezlých v exotických jeskyních.

V divokých dohadech o laboratořích poněkud zaniká, že například ani u SARS, koronavirové infekce, která vystrašila svět v roce 2003, doposud přesně nevíme, jak došlo k nakažení člověka. Trvalo to více než deset let, než se experti dopátrali přesvědčivých dokladů, že SARS pocházel z netopýrů. Srovnání s covidem je více než poučné.

Mnoho různých virů, koronaviry nevyjímaje, samovolně tvoří defektní interferující částice, čili DIPy. Jde o radikálně zmutované genomy, které jsou vykuchané tak, že neobsahují prakticky žádný funkční protein. Jsou jako nemrtvé přízraky, které parazitují na svých kompletních soukmenovcích a replikují se na jejich úkor. Povede se nám udělat si z nich spojence?

Stejně jako koronaviry, umí potrápit naše plíce některé bakterie. Jsou to právě ty, které mají vnitřní teploměr. Když jim okolní teplota stoupne, zahrají na nás habaďůru - začnou produkovat speciální protein a vytvoří si něco jako ochranný skafandr. S takovým vybavením se přestanou omezovat na horní cesty dýchací, pronikají nám do krve i mozku. To, co z bakterií vybavených RNA teplotním čidlem, dělá vražedné původce otravy krve, zápalu plic, a meningitidy (celosvětově hlavní příčinu úmrtí a zdravotního postižení u dětí), je zvýšená teplota.

Patogeny potřebují k šíření příležitost. Pandemie v celé nahotě ukázala, že stačí málo, nosit roušky, udržovat odstup a mýt si ruce, a obávané infekce najednou mají hodně těžký život. Jedním z poražených pandemie covid-19 nejspíš bude i chřipka, která přišla o spoustu hostitelů a podle všeho i o část své genetické diverzity.

Koronaviry dlouho nezajímaly skoro nikoho. Teď zajímají úplně všechny. Nová analýza amerických bioinformatiků zahrnuje 2006 kompletních genomů koronaviru. Její závěry jsou poměrně jednoznačné – za vším hledej netopýra. Do budoucna bude klíčové hlídat koronaviry právě v netopýrech. Je jenom otázkou času, kdy dojde k dalšímu zoonotickému přenosu.

Lidé pocházející z východní Asie mají ve svých genomech nenápadné otisky pařátů pandemie, která decimovala jejich předky v období před 25 až 5 tisíci let. Podle všeho šlo o koronavirus z linie sarbekovirů, tedy skupiny SARS a covidu-19, která podle molekulárních archeologů právě někdy v té době vznikla. Pokud mají pravdu, tak vůbec nebojujeme se zhola neznámým nepřítelem. Je to spíš takový hodně nepříjemný starý známý.

Pandemický koronavirus je nepochybně přírodního původu a se vší pravděpodobností pochází z netopýrů. Objevy sekvencí přimísených do rutinních sekvencí rýže, bavlny nebo myší z obyčejných laboratoří ale ukazují, že v Číně mají doslova horkou půdu pod nohama, plnou záludných koronavirů a že je to riziko, s nímž musíme počítat.

Koronavirus způsobující současnou epidemii vykazuje několik nestandardních vlastností. Patrně stále ještě velmi málo víme o „logice" či přesněji mechanismech jeho chování. To je názor i skupiny tureckých odborníků, kteří narazili na nečekaný jev. Ten je zaujal natolik, že na základě něj zpracovali článek a nejdůležitější poznatek dali přímo do názvu: Neviditelnou částí ledovce může být vyšší virová zátěž u asymptomatických pacientů s COVID-19.

Nová fylogenetická studie příbuzenstva koronaviru SARS-CoV-2 ukazuje, že tahle vypečená čeládka žije v čínských netopýrech již několik desetiletí. Jsou mistry v rekombinacích genetického materiálu a neustále vytvářejí nové a nové varianty. Občas se jim to vážně povede a stvoří pandemický patogen. Zcela náhodně, samovolně a přírodně. Nejlepší obranou do budoucna bude detailně sledovat netopýry a jejich koronaviry, zároveň s lidmi v rizikových oblastech.

Odpadní vody bývají plné rezistentních bakterií i volně plujících genů s rezistencemi vůči antibiotikům. Nanokuličky z bismutu, kyslíku a uhlíku, zabalené do oxidu grafenu, chrlí do okolní vody kyslíkové radikály, které udělají z rezistentních mikrobů a jejich genů řešeto.

Dříve velmi děsivý, dnes již prakticky vyhubený virus neštovic podle analýz sekvencí dávných kostí a zubů vznikl zřejmě nejméně před 1 700 lety. To je mnohem dříve, než jsme si mysleli. V 6. století našeho letopočtu byly pravé neštovice běžné po celé Evropě, tehdy naštěstí ve výrazně méně zabijácké variantě než moderní pravé neštovice.

Zatímco v pátrání po léku na koronavirus se spíše nedaří, než daří, v oblasti antibiotik se konečně ve dvou případech začalo blýskat na nové lepší časy. Na významu jedné ze zpráv nic neubírá ani to, že se týká objevu půl století starého.

Arizonští lovci sekvencí chytili 81nukleotidovou deleci v proteinu ORF7a pandemického koronaviru. Celý svět okamžitě zbystřil, protože tahle delece zrcadlí podobné mutace ze sklonku éry SARS, kdy se zabijácký koronvirus stával méně virulentním. Blýská se na lepší časy?

Keď príde k najhoršiemu, potom ťažko.

Lovci sekvencí otevřeli vrata do bizarního světa fágů a vytáhli na světlo doposud nevídaná monstra. V rozmanitých ekosystémech planety, od nemocničního pokoje až po exkrementy paviánů, našli stovky doposud neznámých megafágů. Největší z nich má genom 15krát větší než průměrný fág, jsou vybavení krisprovými zbraněmi a mají geny pro komponenty ribozómů!

S nulovou toleranciou alkoholu u vodičov môže byť problém, a to aj pri vyšetrení jeho hladiny v krvi najdokonalejšími analytickými metódami. On tam totiž môže byť aj bez toho, aby ho vypil. Čo je horšie, môže viesť k stukovateniu pečene, a to sa netýka len šoférov.

Nezávislý panel specialistů na globální zdravotní rizika WHO a Světové banky varuje, že svět není příliš dobře připraven na možnou celoplanetární pandemii vražedného patogenu dýchacích cest. Mohlo by prý dojít k masovým ztrátám na životech a k vymazání nemalé části světové ekonomiky.

Může zřejmě neškodný incident vyděsit spoustu lidí po celém světě? Jde o to, kde k takovému incidentu dojde, jakou má to místo reputaci a historii, a co tam skladují. Pověst některých věcí zaručuje, že sebemenší problém v jejich blízkosti přinese obrovskou publicitu.

Americký Kongres požaduje prověřit podezření, že lymská borelióza pochází z výzkumu biologických zbraní americké armády. Co myslíte, jak realistická asi může být tahle vousatá konspirační teorie?

Bakterie vylepšené kvantovými tečkami mohou brát energii ze světelného záření a s její pomocí účinně přeměňovat oxid uhličitý a dusík na zajímavé produkty. Podobné technologie by v budoucnu mohly zpracovávat oxid uhličitý z domácností i výrobních zařízení.

Superbugs

Nově objevený DNA virus z horkého pramene v Japonsku vypadá jako hlava antické obludy Medúsy. A co je ještě lepší, stejně jako jeho jmenovkyně dokáže nechat zkamenět své hostitele. Naštěstí to jsou jenom améby.

Co by se stalo, kdyby bioteroristé vypustili vir pravých neštovic na Fidži, a vzápětí v hustě osídlené Asii? Simulace takového černočerného scénáře rozsáhlého teroristického útoku vyústila v pandemii, kterou lidstvo zvládalo 10 let. Ale přežili jsme.

Systém NanoBEADS používá k transportu léčiva do nádoru oslabené salmonely, které skvěle pronikají tkáněmi, ale nevyvolají infekci. Namísto problémů převážejí nanočástice z biopolymeru, které je možné naložit molekulami protinádorového léku.

Antibiotika inhibují a usmrcují mikroorganismy jako jsou například bakterie. Proto třeba angínu vyléčí, ale chřipku nikoliv. Že antibiotika na viry nezabírají, se píše jak v lékařských slovnících, tak i v těch nejnovějších učebnicích pro adepty medicíny. Z výsledků pokusů prováděných v USA a Japonsku ale nyní vyplývá, že tomu tak není a že některá z antibiotik mocně pomáhají i tělům "zavirovaným". A také se již ví, jak to dělají.

Ebola a spol. jsou jenom příšery ze zlého snu. Jestli je něco skutečnou pandemickou hrozbou, tak méně známé respirační RNA viry. Mutují si, jak chtějí, a mohl by se mezi nimi objevit skutečný sekáč.

Uhnat si AIDS můžeme hrátkami s nesterilní jehlou nebo při sexu. Když si virus vpravíme jehlou do žil, hodně mu tím vše usnadníme. V krvi je „mezi svými“ - buňkami imunitního systému, které se ho ochotně ujímají a množí ho. Jak ale virus HIV překonává přirozenou barieru hlenu a slizničních buněk, když se v nich ani trochu necítí dobře? „Bio-filmařům“ ze Sorbonny se podařil husarský kousek, okamžik přenosu viru nasnímali. Nejprve se mezi buňkami vytvoří kontaktní můstek a přes ten se viry transportují jak vystřelená harpuna. Vyšly při tom najevo věci, jaké jsme netušili.

Jestli si nějaké státy nebo teroristé myslí, že nás srazí na kolena biologickým terorem, tak jsou k smíchu. Pokud jde o hnusné bakterie, viry a podobné patogeny, tak si s nimi nepochybně poradíme. Vývojáři vakcín se nezakecají.

Už je to tak, že při styku s infikovaným partnerem jsou to ženy, které tahají za kratší konec. Mladé Jihoafričanky jsou v porovnání s mužskými protějšky až osminásobně nakaženější a platí to i pro Keňanky. Už jen to byl pádný důvod, aby se výzkumníci věnovali ochraně něžného pohlaví přednostně. S jednou novou strategií pro ženy přichází experti z Univerzity ve Waterloo.

Pro někoho je to nezodpovědné šílenství. Pro jiného je to zase možnost obejít nemravně nákladné a zdlouhavé testování tolik potřebných léčebných postupů. Genetické pirátství a biohackeři si získávají stále větší pozornost médií.

Autolykiviry, mající kapsidy bez bičíků, typických pro jim blízké bakteriofágy, dlouho unikaly pozornosti vědců. Zřejmě to jsou ale globální hráči v zabíjení bakterií v mnoha různých prostředích.

Biologie míří do vesmíru. Už dokážeme přečíst DNA na oběžné dráze a určit podle ní mikroorganismy. Je to velký pokrok ve výzkumu vesmíru.

Někteří jsme na vakcíny vyráběné na vejcích alergičtí. Nedaří se z nich ptačí proteiny zcela odstranit a ty pak provokují imunitní systém k nepatřičné odezvě. Této komplikaci se ale tentokrát věnovat nebudeme. Výroba vakcíny s použitím vajec totiž v sobě skrývá ještě jeden problém. Ten je mnohem svízelnější, netýká se alergie ani minoritní části populace, ale té většinové.

Běžně se uvádí, že parazitem Toxoplasma gondii je nakažena zhruba třetina lidstva. Studie, která vyšla tento měsíc v časopise Epidemiology and Infections však ukázala, že toto číslo může být silně podhodnocené, a že ve skutečnosti bude promořenost populace asi podstatně vyšší.

Přímo na podmořské sopce Tagoro objevili unikátní bakterii, milovnici extrémů jménem Thiolava veneris. Je to drsný kolonizátor prostředí zdevastovaného nedávnou podmořskou sopečnou erupcí.

V případě kontaktu s virem HIV jsou to ženy, které tahají za kratší konec. Mladé Jihoafričanky jsou v porovnání s mužskými protějšky až osminásobně nakaženější. I sebemenší poznatek využitelný k ochraně žen má proto cenu zlata. Vědci nyní zjistili, že když se ženě sejde na sliznici nevhodná bakteriální sestava, například s převahou prevotell či fusobakterií rodu Sneathia, a nemusí přitom jít o nic, co by se projevilo potížemi, přesto své nositelce zvýší riziko smrtelného onemocnění až čtyřnásobně.

A víte proč? To neuhádnete. S tvorbou vitamínu D to nemá nic společného. Před několika dny výzkumníci z Georgetown University Medical Center zveřejnili výsledky studie z níž vyplývá, že z jednoho typu lenošících bílých krvinek světlo dělá terminátory bažící po krvi. Naštěstí té mikrobiální.

Během takzvaného Sverdlovského incidentu v roce 1979 zahynulo 66 lidí. Co je vlastně zabilo?

Enteritidy nikdy nebyly veselou záležitostí. Často měly na svědomí víc chlapů v plné síle, než kolik jich zkosily střely nepřítele. Infektologům nyní začínají dělat vrásky na čele výsledky studie odhalující nové typy afrických salmonel. Na rozdíl od těch našich, jsou na ně antibiotika krátká a rády si vybírají i tu nejvyšší daň.

Pro většinu z nás je hepatitida nemoc špinavých rukou a narkomani že ji mají ze špinavých jehel. Nás, co si po záchodě myjeme ruce a nic si nepícháme, by se zase až tak moc týkat neměla. Světová zdravotnická organizace to ale vidí jinak.

Vědci ve více než 2500 genomech lidí z celého světa vystopovali 19 nových sekvencí lidských endogenních retrovirů. Jedna z nich si zaslouží obzvláštní pozornost, protože je kompletní a na první pohled funkční.

Užaslí virologové vystopovali obranný mechanismus velikých mimivirů, podobný slavnému bakteriálnímu systému CRISPR. Mimiviry se s ním brání proti všetečným virofágům. Dočkáme se nových úžasných aplikací?

Máme GM sterilní komáry. Máme nové technologie vývoje vakcín. Máme CRISPR. Máme genový tah. Být virem zika, horečkou dengue, nebo třeba žlutou zimnicí, dělal bych si vážně starosti.