Jak to že dostaneme omikron, když nám v krvi kolují protilátky?  
Vědci z Venterova výzkumného ústavu v Kalifornii a Rockville v Marylandu vysvětlují, proč nové varianty koronaviru unikají neutralizačním protilátkám. A proč je jedno, zda protilátky máme po vakcinaci, nebo jako rekonvalescenti COVID-19.

Vývoj počtu osob s nově prokázaným onemocněním. Podrobnější údaje zde. Kredit: MZČR. https://onemocneni-aktualne.mzcr.cz/covid-19.
Vývoj počtu osob s nově prokázaným onemocněním. Podrobnější údaje zde. Kredit: MZČR.

Čína hlásí, že čelí nejvyššímu počtu nových nákaz covidem-19. Nově nakažených je více dokonce i v porovnání s první koronavirovou vlnou před dvěma lety. O vážnosti tamní situace svědčí uzavření devítimilionového města Čchang-čchun v provincii Ťi-lin. Nejlidnatější město Číny s 27 miliony obyvatel - Šanghaj přechází na distanční školní výuku. Nejhůř se nákazová situace vyvíjí v Hongkongu.

 

Ani u nás čísla nenaznačují, že by se situace měla zlepšovat. Navzdory strmě narostlému počtu vyléčených, počty osob s nově prokázaným onemocněním neklesají, spíše naopak a blíží se čtyřiceti procentům z testů (viz graf).  Jinak řečeno počet takzvaných aktivních případů neklesá. Poměr nemocných je stále vysoký, což svědčí o značném počtu reinfekcí. Jedením z mála optimistických ukazatelů je počet hospitalizovaných. Vše ostatní dělá vrásky na čele jak epidemiologům, tak těm, kteří mají na starosti vývoj nových vakcín a léků.

 

J. Craig Venter Institute, La Jolla. Kredit JCVI.
J. Craig Venter Institute, La Jolla. Kredit JCVI.

Přispět k řešení záhady, proč před novou vlnou epidemie nejsou v bezpečí ani vakcinovaní, a ani ti, kteří nemoc prodělali, se rozhodli v jednom z nejprestižnějších výzkumných ústavů zaměřených na molekulární genetiku: JCVI v La Jolla. JCVI je zkratka jména zakladatele institutu, jehož jméno ústav nese. J. Craig Venter – je biotechnolog, biochemik, genetik a byl jedním z prvních vědců, kteří dokázali osekvenovat lidský genom. O husarských kouscích jeho týmu jsme psali například v souvislosti s vytvořením prvního organismu se syntetickým genomem, za což se mu dostalo přezdívky „Bůh 2.0“. Nyní se tým Venterova ústavu spojil s neméně chytrými kolegy ze Stanford University, University of California, San Francisco a dalších institucí a společně se jali zjišťovat, čím to je, že se omikronu daří tak dobře unikat účinkům protilátek.


SARS-CoV-2, varianta omikron. Kredit: J. Craig Venter Institute.
SARS-CoV-2, varianta omikron. Kredit: J. Craig Venter Institute.

Krátce po vypuknutí pandemie si virologové mysleli, že mají co do činění s tou nejhorší z nejhorších virových variant za dlouhou dobu - SARS-CoV-2. Potom je na jaře 2021 překvapila delta, ale na podzim už byla v oběhu další varianta s řadou mutací ve spike proteinu – omikron. Jak se ukázalo, tak ten ve svém genomu (v porovnání s původním virem Wuhan-hu-1) již 59 aminokyselinových záměn. Aby vědci zjistili, co virům umožňuje unikat protilátkám, museli nejprve najít způsob, jak to testovat. Využili k tomu neškodný virus, který nám způsobuje v ústech afty. S jeho pomocí vyrobili virové pseudočástice nesoucí spike protein. Pochopitelně, že to provedli pro všechny hlavní varianty viru (Wuhan-hu1, beta, delta i omikron). Na těchto pseudovirech (s různými spikeproteiny) pak zjišťovali, jak ochotně s nimi reagují protilátky jedinců po prodělané infekci a také těch, kteří byli očkováni mRNA vakcínou.

První stabilní polosyntetický organismus - Venterovy mykoplazmy (podrobnosti jeho „umělého života“ zde.  Kredit: J. Craig Venter Institute.
Jedním z dřívějších provokativních počinů ústavu bylo vytvoření prvního stabilního polosyntetického organismu - Venterovy mykoplazmy (podrobnosti „umělého života“ zde. Kredit: J. Craig Venter Institute.

Z testů vyšlo najevo, že tajemství schopnosti úniku virů před protilátkami spočívá v počtu mutací. Omikron je těmi, které mu propůjčují jisté výhody vybavený mocněji, než kterákoli jiná varianta viru SARS-CoV-2, a které byly příčinou předchozích vln infekcí. Ze zmíněných padesáti devíti mutací se jich většina nachází v té části viru, který „odemyká“ membránu buňky a dovoluje viru do ní vpravit svůj smrtonosný náklad. Tou částí viru je jeho spike protein. Shodou okolností právě na tento protein jsou cíleny neutralizační protilátky. Tím, že omikron má v tomto proteinu třicet sedm mutačních změn, jeho výsledná terciální struktura doznala v mnoha místech nových tvarů. Není divu, že protilátky vytvořené z předchozích infekcí nebo po vakcinaci mají s rozpoznáním tak pozměněného cíle problém, a že i jejich účinnost je nízká. Smutné na tom všem je, že už i omikron má subvarianty BA.1.1 a BA.2, a že se nejspíš objeví ještě i další.

 

Kdo od výsledků zveřejněných Craigovým mozkovým trastem očekával vyřešení patálií s omikronem nějakým převratným objevem, musí teď být zklamán. Odborníci si ale pochvalují, že jsme zase pokročili v poznání, které z mutací nejspíš mění (a jak mění) prostorovou strukturu spike proteinu, že jsou pak na něj protilátky krátké, což by se mělo dát zúročit například v přípravě účinnějších vakcín. Většina těch nyní schválených, se spoléhá pouze na vyvolání imunitní odpovědi proti jedinému imunogenu na spike proteinu. Samozřejmě, že tyto mRNA vakcíny se ukázaly být vysoce účinné. Jejich problém je v tom, že s antigenně posunutými variantami viru (směrem do typu omikron), má s postupem doby sníženou účinnost. Vakcíny omezující se na reakci pouze proti spike proteinu, budou v souvislosti s mutacemi viru vyžadovat časté aktualizace. Jinak řečeno, úprava vakcín tak, aby kromě cílení jen na spike protein, byly jimi navozené protilátky směrovány také na další evolučně konzervované virové antigeny, by měla být tou správnou cestou, jak nad proměnami viru vyzrát a nutnost aktualizace stávajících vakcín proti SARS-CoV-2 (a četnost vakcinace) výrazně omezit.


Jaksi mimoděk vědcům z jejich pokusů vyplynulo ještě něco. Mezi testovanými byly i těhotné ženy. Ty se ukázaly být nejohroženější skupinou. Proč? Protože jejich hladiny protilátek jsou (i po vakcinaci dvěma dávkami) těmi nejnižšími. V praxi to pro nastávající maminky znamená, že jsou to ony, kdo je k opětovnému onemocnění nejnáchylnější. Závěr bádání dvaadvacetičlenného kolektivu se dá v tomto směru shrnout následovně: Boosting (třetí dávka) zvyšuje účinnost protilátkové odpovědi především na typy označované jako beta a delta. Omikronové varianty jsou vůči tomuto způsobu neutralizace nejodolnější. I když je onemocnění omikronem méně závažné (než třeba deltou), bylo by chybou omikron považovat za „mírný“ virus. Je stále nebezpečný. Nižší protilátková odpověď těhotných (i těch, které mají za sebou dvě dávky mRNA vakcíny) vedla vědce k následující apelaci: Těhotenství lze považovat za rizikový faktor k závažnému průběhu onemocnění COVID-19. Společnost by proto měla hledat způsoby, jak u těhotných žen zvýšit jejich proočkovanost, neboť právě ony patří k nejzranitelnější části populace.

 

Literatura

Benjamin L. Sievers et al, Antibodies elicited by SARS-CoV-2 infection or mRNA vaccines have reduced neutralizing activity against Beta and Omicron pseudoviruses, Science Translational Medicine (2022). DOI: 10.1126/scitranslmed.abn7842

Pia Gattinger et al, Omicron: A SARS‐CoV‐2 variant of real concern, Allergy (2022). DOI: 10.1111/all.15264

Datum: 12.03.2022
Tisk článku

Související články:

Roztok oxidu chloričitého (CDS) a léčba COVID-19     Autor: Miloslav Pouzar (01.01.2022)
Doba izolace 5 dnů pozbývá s omikronem smysluplnost     Autor: Josef Pazdera (15.01.2022)
Prochází SARS-CoV-2 z jedné buňky do další přímo?     Autor: Dagmar Gregorová (20.01.2022)
Dědictví po neandertálcích je v nynější pandemii tragédie, nebo záchrana?     Autor: Josef Pazdera (23.01.2022)



Diskuze:

Poněkud podivný závěr

Pavel Polouček,2022-03-14 20:57:23

Je zvláštní, jak i velmi vzdělaní a inteligentní lidé dokáží potlačit elementární logiku, aby se nemuseli odchýlit od (zdánlivě) většinového názoru, že jedině očkování nás spasí před smrtelně nebezpečným Covidem. Z citovaných fakt, že:
1) protilátky vytvářené (údajnými) vakcínami proti Covidu mají proti Omicronu nízkou účinnost
2) těhotné ženy mají obecně sníženou hladinu protilátek
vyvozuje autor závěr, že by "společnost měla hledat způsoby, jak u těhotných žen zvýšit jejich proočkovanost" (neboli jak vytvořit na těhotné ženy nátlak, aby do sebe nechali píchnout neúčinnou, zato potenciálně dost nebezpečnou experimentální látku).
Když už si autor takto osobuje právo zahrávat si se zdravím našich žen a nenarozených dětí, měl by si něco zjistit o obraně těla proti virům - která není primárně založena na protilátkách, ale na T-lymfocytech. Doporučil bych např. přednášku Jiřího Šinkory na konferenci COVIDCON (viz https://www.svedomi-naroda.cz/covidkon/).

Odpovědět


Re: Poněkud podivný závěr

Josef Pazdera,2022-03-14 22:39:27

Jen bych si Vás dovolil opravit, že si tak neosobuje právo zahrávat si se zdravím našich žen autor, ale pokud si dáte tu práci a přečtete si pod článkem citovanou práci, zjistíte, že to je závěr autorů! Podepsáni jsou: BENJAMIN L. SIEVERS, SABORNI CHAKRABORTY, YONG XUE,   GELBART, JOSEPH C. GONZALEZ, ARIANNA G. CASSIDY YARDEN GOLAN, STEPHANIE L. GAW, PRABHU S. ARUNACALAM, CATHERINE A. BLISH,   D. BOYD, MARK M. DAVIS, PRASANNA JAGANNATHAN, KARI C. NADEAU, BALI PULENDRAN, UPINDER SINGH, RICHARD H. SCHEUERMANNMATTHEW, B. FRIEMAN, SANJAY VASHEE, TAIA T. WANG, GENE S. TAN.


Ale nejde jen o ně. Prakticky pod totéž (co Vy nazýváte zahráváním si se zdravím našich žen), konkrétně - vhodné době k přeočkování, se vyslovovali například:
A. Y. Collier, K. McMahan, J. Yu, L. H. Tostanoski, R. Aguayo, J. Ansel, A. Chandrashekar, S. Patel, E. Apraku Bondzie, D. Sellers, J. Barrett, O. Sanborn, H. Wan, A. Chang, T. Anioke, J. Nkolola, C. Bradshaw, C. Jacob-Dolan, J. Feldman, M. Gebre, E. N. Borducchi, J. Liu, A. G. Schmidt, T. Suscovich, C. Linde, G. Alter, M. R. Hacker, D. H. Barouch, Immunogenicity of COVID-19 mRNA vaccines in pregnant and lactating women. JAMA (2021).

Odpovědět


Re: Poněkud podivný závěr

Macko Pu1,2022-03-14 22:53:37

Mal som za to ze udajny trolovia troluju ukrainu. To logika hovori ze epidemiolog ako krcmery vie co robit, nie anonymny trol z webu.

Odpovědět

Teda

Karol Kos jr.,2022-03-14 12:26:40

Co mě teda hlavně zarazilo, kolik si vyplýtvali písmenek mezi deltou a omikrónem. A když teď to mutuje taky dost, tak ty písmenka brzy dojdou, podle mě...

A taky bude nasnadě otázka, se vší tou situací okolo, budeme v π či nebudeme?

Odpovědět

Stěrače stírají...

Pavel- Piskač,2022-03-14 08:27:10

>Z testů vyšlo najevo, že tajemství schopnosti úniku virů před protilátkami spočívá v počtu mutací.
stačilo si přečíst učebnici imunologie (viroologie) - i 30 let starou. Důležitější než počet je místo/a mutace/í.

>Shodou okolností právě na tento protein jsou cíleny neutralizační protilátky.
Nejde o shodu okolností - ale vlastnost. Je to kompetice (soutěž) o aktivní (vazebné) místo. viz např. učebnice enzymologie...

>Těhotné ženy: Protože jejich hladiny protilátek jsou (i po vakcinaci dvěma dávkami) těmi nejnižšími.
Tak to už se ví také hodně dlouho. Mají utlumenou imunitu, aby mohly donosit plod - on je pro ně imunologicky z 50% cizí.

Tak jestli tyto "převratné poznatky" jsou výsledkem "mozkového trustu", tak to je věru "husarský kousek".

Odpovědět


Re: Stěrače stírají...

Libor Hana,2022-03-14 09:51:09

Hezky jste to napsal. Donutilo mne to podívat se na originál. Nezbývá mi než konstatovat, že obsah s abstraktem sedí. Tak jsem se dál zajímal. Kdo je pod tím podepsán. Je to více než tucet autorů, z nichž většina má desítky až několik stovek článků. A nejde o žádné „potratové časopisy“, nebo časopisy v nichž se musí za uveřejnění článku platit (a kterými se tak rádi ohánějí mnozí naši vědci a nestydí se uvádět práce v predátorských časopisech ve svém CV).
Pokud je pravda, jak píšete, že omílají všechno, co už je dávno známo, tak mne napadá několik důvodů, které je k tomu mohly vést. Možná je k tomu důvod (třeba kvůli tomu, že se dnes na ty zásadní věci zapomíná). Druhou možností je, že jsou v Science úplní tupci, že to nepoznali. Další z možností je, že autoři mají potřebu publikovat každou blbost. To se mi ale nezdá pravděpodobné, protože řada z nich má tolik publikací, že to nemá zapotřebí. Navíc by to mnohým kazilo jejich dobré jméno - jsou to vysoce cenění odborníci, vyučují na univerzitách, působí na klinikách a ani by se to nevyjímalo mezi jejich portfoliem uznávaných publikací. Ještě mne napadá, že by to tak úplná blbost, jak píšete, být nemusela. Ale možná jsem na něco zapomněl. Třeba mne jiní doplní.

Odpovědět


Re: Stěrače stírají...

Vojta Adler,2022-03-14 15:50:51

Moc nechápu co vytýkáte tou svou poznámkou, že důležitější než počet je místo mutací. Jestli dobře čtu tak já tam hned v další větě mám: "Omikron je těmi, které mu propůjčují jisté výhody vybavený mocněji, než kterákoli jiná varianta viru SARS-CoV-2..."
Nebo o kus dál: "...třicet sedm mutačních změn, jeho výsledná terciální struktura doznala v mnoha místech nových tvarů..." Mně se zdá, článek dost názorně a to hned několikrát dává najevo, že nejde jen o nějaké mutace, ale o ty, které mají na svědomí nefunkčnost protilátek. Ani s tou výtkou utlumené imunity nemáte tak docela pravdu. Ale to už by bylo na dlouhou debatu. Mně spíš připadá, že pan Piskač ustrnul na 30 let tradované pravdě.

Odpovědět


Re: Stěrače stírají...

Lenka Vankova,2022-03-14 17:38:01

Pane Pavle Piskači, tohle jsou Vaše stránky? : http://www.piskac.cz/

Odpovědět

Protilátky

Michal Kára,2022-03-13 07:50:55

Že se omikronu daří unikat protilátkám proti předchozím variantám je docela logické. Co je ale zvláštní a článek se tím bohužel vůbec nezabývá, že se omikronu daří unikat i protilátkám proti omikronu samotnému. A to jak po vakcinaci, tak po prodělání onemocnění. Proto zatím nemáme žádnou vakcínu speciálně proti omikronu - v testech se ukázalo, že neposkytuje lepší ochrany, než původní verze vakcín.

Odpovědět


Re: Protilátky

Josef Hrncirik,2022-03-18 07:16:07

Obamova břitva = placebo

Odpovědět


Diskuze je otevřená pouze 7dní od zvěřejnění příspěvku








Tento web používá k poskytování služeb, personalizaci reklam a analýze návštěvnosti soubory cookie. Používáním tohoto webu s tím souhlasíte. Další informace